Os dejo con este script que han diseñado en este blog y que me ha servido para transformar una serie de imágenes de gif a jpg. Cambiando las extensiones en el script podéis convertir cualquier tipo de formato.

#!/bin/sh
# Renombramos los espacios de los archivos a _
find . -name '* *' | sort | while read FILE
do
NEWFILE=`echo ${FILE} | sed â??s/ /_/g;â??`
mv â??${FILE}â?? ${NEWFILE}
echo ${NEWFILE}
done
#convertimos bmp a jpg, es necesario el convert de Imagemagik
for file in *.gif
do
convert $file `basename $file .gif`.jpg;
done

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